En 1926 la Asamblea Nacional creó la figura de Secretario General, fue elegido por unanimidad Ricardo Cabot.
Actualmente el Secretario General, es nombrado de forma directa por el presidente, tiene a su cargo entre otras funciones: la organización administrativa de la RFEF, la dirección ejecutiva, Ejercera la jefatura de personal de la RFEF, y velar por el exacto cumplimiento de los acuerdos de los órganos federativos.
Ricardo Cabot 1926 -1952
Andres Ramirez 1953 -1978
Agustin Dominguez 1978 – 1989
Gerardo Glez. Otero1992 -2003
Jorge Perez Arias 2003 – 2016
Esther Gascon 2016 – 2018
Andreu Camps 2018 – 2023
Elvira Andrés- A. Olivares 2023 – 2024
Alvaro Casanueva 2024